Els microscopis es classifiquen segons el principi de la microscòpia i es poden dividir en microscòpia polaritzant, microscòpia òptica, microscòpia electrònica i microscòpia digital.
1. El microscopi polaritzador és un tipus de microscopi utilitzat en instituts de recerca de materials anisotròpics transparents i opacs, i té aplicacions importants en ciències i enginyeries com la geologia.
2. Els microscopis òptics solen estar compostos per parts òptiques, parts d'il·luminació i parts mecàniques. Un microscopi òptic pot augmentar un objecte 1600 vegades, amb un límit de resolució mínim de 0,1 micròmetres.
3. Els microscopis electrònics tenen característiques estructurals bàsiques similars als microscopis òptics, però tenen capacitats d'ampliació i resolució molt més altes per als objectes, utilitzant el flux d'electrons com a nova font de llum per a la imatge d'objectes.
4. Els microscopis portàtils són principalment una extensió de la sèrie de microscopis digitals i videomicroscopis que s'han desenvolupat en els darrers anys
